Die Cup-Auslosung für die 1/16-Finals vom 16.09.2017 ergab folgende Partien:
FC Fortuna SG 1a (4.) – FC Widnau 1 (2.)
FC Uznach 1a (3.) – FC Rorschach-Goldach 17 1 (2.)
FC Weesen 1 (2.) – FC Montlingen 1 (2.)
FC Wagen 1 (3.) – FC Rüthi 1 (3.)
FC Münchwilen 1 (4.) / FC Besa 1 (3.) – FC Bonaduz 1a (4.)
FC Weinfelden-Bürglen 1 (2.) – FC St. Margrethen 1 (2.) / FC Mels 1 (2.)
FC Wängi 1 (2.) – FC Diepoldsau-Schmitter 1 (2.)
FC Wattwil Bunt 1929 1 (3.) – FC Trübbach 1 (4.) / FC Ems 1 (2.)
